根据2006年11月两校及两院学术合作协议，自2007年起，南大高研院和台大高研院互派学者赴对方单位做1~2月的短期访学和交流，每年约2~3人。访问期间，学者们与对方学校的相关专业学者会面，与师生座谈，并做学术演讲。

  2007年，南大赴台大访问学者：

          （1）马俊亚，南大历史系教授，专业为领域为近现代中国社会经济史。

          （2）巩本栋，南大文学院教授，专业领域为中国文学史，中国思想史。

                     访问时间：4月15日—5月30日

  2008年，台大来南大访问学者：

          （1） 彭镜禧，台大戏剧系教授，专业领域为戏剧史，莎士比亚研究。

                    来访时间：4月14日—5月15日

          （2）夏长朴，台大文学院教授，专业领域与古代文学史，王安石研究。

                    来访时间：6月1日—6月30日

           （3）蔡茂寅，台大法律系教授，专业领域为行政法学。

                   来访时间：9月19日—12月18日

                  南大赴台大访学学者：

          （1）刘俊，南大文学院教授，专业领域为现当代文学，白先勇研究。

          （2）祁林，南大新闻传播学院副教授，专业领域为广播电视新闻学。

                    访问时间：8月1日—9月15日

  2009年，台大来访学者：

          （1）熊秉元，台大经济系教授，专业领域为法律经济学，制度经济学。

                   来访时间：7月16日—8月15日

          （2）徐富昌，台大中文系教授，专业领域为文字学，古文字学，文献学。

                  来访时间：8月1日—8月31日

          （3）康韵梅，台大中文系教授，专业领域为中国古典小说，古典散文。

                   来访时间：10月1日—10月31日

                南大赴台大访问学者：

          （1）杨莉馨，南京师范大学文学院教授，专业领域为欧美文学，女性文学。

          （2）童强，南大中国思想家研究中心副教授，专业领域为中国思想史、魏晋玄学、空间哲学。

          （3）方勇，南大商学院副教授，专业领域为国际贸易理论、开放型经济。

                  访问时间：6月20日—7月20日