一、重要活动
台大高研院成立于2006年9月，时任南大高研院“余纪忠暨夫人讲座教授”的国际著名历史学家许倬云先生发现南大创立的高研院的研究模式很好，于是便竭力倡导在台湾大学也成立类似的学术机构，台大高研院由此应运而生。
2006年9月25日，台湾大学教授、台大高研院“东亚文明与经典阐释”项目主持人黄俊杰先生访问高研院，并和王杰副院长、张伯伟教授等学者展开交流，社科处王明生处长、思想家中心周群教授也参与了讨论。黄俊杰教授还做了主题为“全球化时代中文化霸权的政治经济根源”的法鼓人文系列讲座。
2006年10月3日-11日，南大高研院代表团访问台湾大学及台大高研院。参加人有王杰、马敬、周爱群、张伯伟、杜骏飞、徐雁、何成洲、巩本栋、张志强、成伯清、陈亚军、吴建斌、马俊亚。
2006年11月22日，台湾大学及台大高研院代表团来访南京大学及南大高研院。两校签订学术合作协议，这是南京大学与台湾大学签订的第一份校际合作协议。同时，南大高研院与台大高研院签订两院学术合作协议，包括在一定时期内学术互访、互派学者访学、互相交流学术资料、共同召开学术会议等，由此揭开了两院学术交流的序幕。来访人：李嗣涔、包宗和、黄俊杰及院内学者共8人。
2007年10月20日，在南京大学高研院召开了两院合办的“跨学科视野下的文化身份认同”国际学术研讨会，邀请了包括台湾地区在内的海内外众多国际顶尖的学者参与，包括：许倬云、苏基朗、张信刚、林南、谢宇、包宗和、刘述先、黄俊杰、王明珂、石之瑜、叶德兰、朱云汉、沈冬、张隆溪、林建甫、洪惟助、夏长朴、德里克等。
2008年4月23日，台湾大学访问教授，台大戏剧学系彭镜禧教授做主题为《莎士比亚的现代意义》的学术前沿系列讲座。由外国语学院从丛教授主持。
2008年5月，南大高研院向台大高研院赠送了《中国思想家评传》系列丛书共计200本，台大高研院向南大高研院赠送了“东亚经典系列丛书”共计100余本。
2008年5月12日，台湾大学访问学者、戏剧学系彭镜禧教授做主题为《读剧学英文：如何使你的英文能力剧增》的名家讲坛讲座。
2008年6月11日，台湾大学访问教授、台大中文系夏长朴教授做主题为《介父之学大抵支离——二程对王安石新学的批评》的名家讲坛讲座。 讲座由张伯伟教授主持。
2009年10月15日至16日，由南大高研院与台大高研院共同主办的“近六十年海峡两岸人文社会科学研究的回顾与展望”学术研讨会于在台湾大学农化新馆五楼召开。本次会议邀请了包括南京大学、复旦大学、中山大学、台湾“中央研究院”、台湾中央大学、台湾政治大学等众多海峡两岸知名高校和科研机构在内的近40名学者到会发言或参加研讨。此次会议期间，适逢许倬云先生八十寿辰，大会特别为许先生举行了隆重的庆祝仪式。我校与会学者：周宪、沈固朝、徐小跃、周晓虹、陈蕴茜、李里峰、戴万稳、胡恒、黄荭、陈勇。
2009年11月2日，台湾大学访问教授、台大中文系康韵梅教授做主题为《与爱睽违：<莺莺传>新诠──兼述<莺莺传>的研究面向及其转变》的名家讲坛讲座，由巩本栋 教授主持。
2009年11月23日上午，在南京大学高研院举行了“南大高研院—台大高研院学术合作协议续签仪式”。台大高研院副院长林建甫、唐格里来访并签约。
2010年10月21日，台湾大学历史系特聘教授、台湾大学人文社会高等研究院院长黄俊杰教授做主题为“东亚文化圈的交流：互动、转化与融合”的精彩演讲，受到南大师生的热烈欢迎。此讲座为南京大学“域外汉籍研究所十年庆”系列讲座第八讲，由张伯伟教授主持。
2012年10月18日，台湾大学高研院院长黄俊杰教授、秘书黄秀文女士一行访问我院。黄院长是我院的老朋友，曾多次来访我院，并参与了很多两院共同举办的学术活动。此次来访，我院周宪院长与黄院长就两院学术交流、人员互访、共同举办学术活动等事宜进行了进一步讨论，并期望在今年举行一些较大规模、较大影响的学术活动，以推动两岸学术交流。黄俊杰教授还与高研院特聘教授张伯伟先生、文学院徐兴无教授等学者就东亚汉籍研究的相关问题进行了交流。
2013年11月7日，台湾大学名誉教授、辅仁大学客座教授彭镜禧作主题为“与莎士比亚同工：翻译、改编、演出Collaborating with Shakespeare: Translation, Adaptation, and Performance”的演讲，活动由从丛教授主持。
2014年3月17日，台湾大学外文系廖咸浩教授来访，并作主题为“我为什么没有爱上林志玲：黑客任务、无间道、色戒中的后现代之后”的名家讲坛讲座。并在外国语学院做有关台湾电影“赛德克·巴莱”的专题讲座。
2014年6月25日，台湾大学访问学者、外文系教授、台湾大学高研院副院长唐格理（Kiriff O. Thompson）做主题为“ 在传统与现代之间的严复Yan Fu Between Tradition and Modernity”的学术前沿讲座。
2016年7月21日，台湾大学访问学者、外文系教授、台湾大学高研院副院长唐格理（Kiriff O. Thompson）做主题为“ 《老子》的时空观”的学术前沿讲座。
2016年10月24日至29日，我院学者赴台湾大学参加国际大学高等研究院联盟（UBIAS）2016年会及台湾大学高研院成年十周年庆祝大会，会议主题为“The Promise of UBIAS-type Institutes:A Conference on the 10th Anniversary of the Institute for Advances Studies in Humanities and Social Sciences (IHS), National Taiwan University”。参访活动人员为周宪、马敬、宋立宏、但汉松、韩伟华、张乾友、李岩松、戴雪红、王涛。
2016年10月28日至30日，我校童强、白欲晓赴台湾大学参加主题为“中国再起与两岸儒学半世纪的省思”的学术会议。
2017年6月2日，台大高研院副院长陈昭英教授来访。
2017年6月12日至15日，我院从丛副院长赴台湾大学高研院参加主题为“寻找正确的平衡：国际大学高等研究院联盟成员会议”的学术会议。
2017年6月30日，台湾大学计算机系特聘教授、台湾大学数位人文研究中心主任项洁来访，与数字人文领域学者交流，并做主题为“数位人文与类书”的学术前沿讲座。
2018年4月10日，台湾大学访问学者、外文系廖咸浩教授做主题为“物质生态批评”、“意外人生：文学与创造力的奥秘”的学术前沿讲座。并参与“西方现代主义文论”的授课。
2018年9月6日，台湾大学访问学者、哲学系佐藤将之教授做主题为“二十一世纪《荀子》研究的前景与课题”的讲座。来访期间，他还会见了哲学系李承贵教授、学衡研究院孙江教授，并参与专题工作坊。
2018年10月25日，台湾大学中文系特聘教授蔡瑜作主题为“梵汉交流视域下的诗学革命”的名家讲坛讲座。本次活动由张伯伟教授主持。
2018年11月5日，台湾大学访问学者、外国语文学系教邱锦荣教授做主题为“莎士比亚与批评理论”的名家讲坛讲座，从丛教授主持了本次活动。邱教授还参加了从丛教授组织的“莎士比亚与空间转向”专题工作坊。
2018年12月6日，台湾大学访问学者、中国文学系曹淑娟教授做主题为“從江岸送遠到名蹟貽徽——《京江送逺圖》的意義轉向”的名家讲坛讲座，本次活动由张伯伟教授主持。曹淑娟教授还会见了文学院程章灿教授、曹虹教授，并做专题学术讲座。
二、短期学者互访
2007年
南大访问学者：马俊亚、巩本栋，4月15日—5月30日
2008年
台大访问学者：彭镜禧，4月14日—5月15日
夏长朴，6月1日—6月30日
蔡茂寅，9月19日—12月18日
南大访学学者：刘俊、祁林，8月1日—9月15日
2009年
台大访问学者：熊秉元，7月16日—8月15日
徐富昌，8月1日—8月31日
康韵梅，10月1日—10月31日
南大访问学者：杨莉馨、童强、方勇，6月20日—7月20日
2010年
台大访问学者：张坤将，6月30日-7月30日
卢信昌，8月12日-9月10日
南大访问学者：李恭忠，12月20日-1月20日
2011年
台大访问学者：吕世浩，7月30日-8月30日
蔡瑜，8月15日-9月14日
南大访问学者：蔡仲、高传胜，5月10日-6月10日
2012年
台大访问学者：唐格理，6月29日-7月28日
蔡振丰，8月6日-8月31日
南大访问学者：李健、周计武，6月29日-7月29日
2013年
台大来访学者：林永胜，8月6日-8月30日
南大访问学者：童岭，6月15日-7月15日
2014年
台大来访学者：唐格理，6月10日-7月18日
南大访问学者：程爱民，9月19日-10月19日
2015年
台大来访学者：无
南大访问学者：刘成，6月2日-30日
2016年
台大来访学者：许育嘉，6月23日-30日
唐格理，7月14日-8月9日
南大访问学者：韩伟华：3月16日-4月15日
2017年
台大来访学者：无
南大访问学者：徐新，12月17日-1月16日
2018年
台大来访学者：廖咸浩，4月2日-5月2日
佐藤将之，9月1日-13日
邱锦荣，10月25日-11月18日
曹淑娟，12月2日-1月1日
南大访问学者：卜茂亮，1月12日-2月11日
张宗友，12月1日-30日
三、互赠学术资料
1、《台湾东亚文学研究学刊》若干
2、《台湾大学人文高等研究院院训》若干
3、《台湾大学通识教育读本》若干
